SpongeBob è mosso dal desiderio intimo e viscerale di dimostrare a se' stesso e a Mr. Krabs di avere il temperamento e il cuore di un "vero eroe", per fare questo decide di lasciarsi alle spalle la cucina del Krusty Krab e guidare gli amici di sempre, Patrick, Squiddi, Sandy e Plankton, in una spedizione verso gli angoli più remoti e pericolosi dell'oceano.

L'obiettivo è recuperare un antico manufatto perduto legato alle leggende dei pirati; il viaggio li spinge ben oltre i confini di quello che conoscono e li porta fino agli Abissi Profondi e nel misterioso Sottomondo, una regione sommersa dove le leggi della natura sembrano non esistere e dove regna l'ombra delle antiche navi pirata.

Lungo il percorso, SpongeBob e la sua gang di amici devono vedersela con l'Olandese Volante, che custodisce i segreti necessari per navigare in questi territori pericolosi. L'avventura non si tratta solo di una semplice caccia al tesoro: SpongeBob dovrà affrontare prove di coraggio che metteranno alla prova la sua natura pura e la sua lealtà verso gli amici. La sfida finale li porterà a confrontarsi con una minaccia che vive nell'oscurità degli abissi, costringendo SpongeBob a capire che essere un eroe non significa cambiare la propria natura, ma trovare la forza proprio in ciò che lo rende unico.