Nel secondo capitolo torniamo a Zootropolis dove la Detective Judy Hopps e il suo collega la volpe Nick Wilde lavorano come un vero e proprio team all'interno del Dipartimento di Polizia di Zootropolis. Tuttavia nonostante siano ormai due partner affiatati, la loro collaborazione è messa in discussione a causa dei loro metodi, generalmente opposti tra di loro. Mentre Judy è iperattiva e segue le regole, Nick tende a ignorare i regolamenti con un sorriso ironico e disinvolto.

Dopo un pattugliamento finito clamorosamente male, il Capo Bogo ne ha piene le tasche e decide di costringerli a una sorta di terapia di "coppia" per dinamiche relazionali tenuta dalla Dottoressa Fuzzby, specializzata in coppie "miste". Le loro problematiche relazionali però, passano in secondo piano quando il serpente a sonagli Gary DèSnake arriva in città. La sua presenza è anomala, in quanto Zootropolis è prevalentemente abitata da mammiferi e scatena una paura generale.

Judy e Nick sono sulle sue tracce ma si vedono costretti a lavorare in aree della metropoli poco conosciute e frequentate come il Marsh Market, un quartiere che metterà in discussione tutte le loro certezze. Durante un avventuroso inseguimento per recuperare un antico e prezioso libro che nasconde segreti storici sulla loro città, Nick e Judy sono identificati - per sbaglio - come complici di DéSnake. Costretti alla fuga e inseguiti dai loro colleghi, i due si trovano a fare squadra proprio con Gary e scoprono una cospirazione che cambierà per sempre il futuro di Zootropolis.